Você pode criar um array associativo (ou hash) com chave nos últimos campos do primeiro arquivo e, em seguida, verificar se o último campo do segundo arquivo NÃO é uma chave válida:
$ awk 'NR==FNR {a[$NF]++; next} !($NF in a)' file2 file1
3.3 6.6 10 0 0.6 0.33 "Ha1_00044004__C"