As convenções "usuais" se aplicam: qualquer coisa abaixo de /usr , fora de /usr/local , pertence aos pacotes fornecidos pela distribuição; qualquer coisa em /etc pertence ao administrador do sistema (embora os pacotes também possam colocar padrões lá).
Assim, no seu caso, seus arquivos devem entrar em /etc/pm/sleep.d .
Citando o Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos (que o Debian segue , assim como o Ubuntu e a maioria das outras distribuições Linux:
/usris the second major section of the filesystem./usris shareable, read-only data. That means that/usrshould be shareable between various FHS-compliant hosts and must not be written to. Any information that is host-specific or varies with time is stored elsewhere.