Se for possível integrar o arquivo no script (ou adicionar algum código ao arquivo), isso pode ser feito com um documento aqui:
foo=bar
cat <<EOT
abc
_${foo}_
def
EOT
abc
_bar_
def
Algo semelhante pode ser feito com o arquivo simples:
export foo=bar
commands="cat <<EOT
$(<input)
EOT"
bash -c "$commands"