A distinção está relacionada à independência da arquitetura . .pc arquivos que podem ser específicos da arquitetura vão em /usr/lib (no Debian, /usr/lib/pkgconfig para pacotes pre-multiarch, /usr/lib/<triplet>/pkgconfig para pacotes multiarch), .pc arquivos que com certeza serão architecture-independent pode ir em /usr/share (apenas /usr/share/pkgconfig , não há necessidade de distinguir triplets aqui).