Veja Getopt::Std : você deve ser capaz de simplesmente substituir
require "getopts.pl";
&Getopts('F:f:');
com
use Getopt::Std;
getopts('F:f:');
Se você também use warnings; e use strict; (como geralmente é recomendado), será necessário declarar as variáveis antes com our ($opt_F, $opt_f); . Como alternativa, você pode usar um hash:
getopts('F:f:', \my %opts);
$opts{f} # instead of $opt_f
$opts{F} # instead of $opt_F