Claro. Em ksh / Bash / zsh:
for f in *_merged; do
mv -- "$f" "${f/_qle_/_Qle_}"
done
ou no shell padrão.
for f in *_qle_merged; do
mv -- "$f" "${f%_qle_merged}_Qle_merged"
done
Veja também, por ex. Expansão de parâmetros no BashGuide