Usando fdupes :
fdupes -1 . | awk '{ print $1, NF }'
Para um diretório de exemplo:
$ fdupes -1 . | awk '{ print $1, NF }'
./f 2
./file 2
Neste exemplo, há dois arquivos com o mesmo conteúdo que f ( f em si é incluído nessa contagem) e, da mesma forma, para file .
A opção -1 para fdupes faz com que a saída seja uma linha por grupo de arquivos idênticos, e o código awk imprime o primeiro nome de arquivo juntamente com a contagem de arquivos idênticos. O ponto denota "o diretório atual".