Quando você cria um link simbólico para um diretório, não criou um novo diretório - apenas um nome de caminho alternativo para fazer referência ao diretório original.
Se você não quiser criar novos arquivos no diretório original, não escreva novos arquivos nesse diretório. Parece que você deseja criar um novo diretório output em vez de um symlink em um diretório existente.