Supondo que você queira mover os arquivos mesmo que apenas um deles exista, e assumindo também que o nome do diretório de destino é o próprio número:
for n in {1..1000}; do
mkdir TARGET_$n
mv -f {RT,EU}_$n.txt TARGET_$n/
done
Se você quiser mover arquivos somente se ambos existirem, use
for n in {1..1000}; do
[ -e RT_$n.txt ] && [ -e EU_$n.txt ] && \
mkdir TARGET_$n && mv -f {RT,EU}_$n.txt TARGET_$n/
done
em vez disso.
Ambas as soluções usam a construção {1..1000}
para gerar uma lista de números e, em seguida, processar os arquivos correspondentes. O primeiro bloco pode lançar mensagens de erro se um arquivo não existir (porque ele não verifica se existe um arquivo com um nome específico), o segundo testa a existência antes de criar a pasta de destino e mover os arquivos para lá. .