Você pode usar os comandos salvar / restaurar do ipset.
ipset save manual-blacklist
Você pode executar o comando acima e ver como precisa criar seu arquivo salvo.
Exemplo de saída:
create manual-blacklist hash:net family inet hashsize 1024 maxelem 65536
add manual-blacklist 10.0.0.1
add manual-blacklist 10.0.0.2
E restaure com o comando abaixo.
ipset restore -! < ips.txt
Aqui nós usamos -! para ignorar erros principalmente devido à duplicação.