O MySQL Enterprise Edition suporta o PAM (Pluggable Authentication Modules).
Este artigo descreve como configurá-lo: link
A desvantagem é que você
- precisa da versão comercial do MySQL
- precisam de acesso aos arquivos de configuração do servidor MySQL.
Se você não tem isso, não há muito o que fazer além de escrever um script que replique os usuários confiáveis do Unix no gerenciamento de usuários do MySQL. Você não poderá sincronizar as senhas.