Ter vários servidores DNS diferentes não é um problema: cada host cliente usará qualquer servidor DNS configurado para eles e nenhum outro. Essa configuração pode acontecer manualmente ou por DHCP.
Se as VMs convidadas obtiverem os parâmetros IP do servidor DHCP do roteador, você deverá substituir as configurações do servidor DNS nas configurações de rede das VMs convidadas ou fazer com que o roteador envie definições de servidor DNS diferentes para essas VMs convidadas (se possível - a interface de configuração do DHCP em roteadores não corporativos tende a ser bastante limitada).