Os links simbólicos não apontam para inodes. E hard links apenas precisam apontar para o mesmo inode; não há problema se o número do inode for alterado.
Em alguns casos, você pode converter um sistema de arquivos (por exemplo, há uma ferramenta para converter etx4 em btrfs). Mas normalmente você faz um backup dos dados, formata o volume com o novo sistema de arquivos e restaura seu backup. Você só precisa de um backup que manipule os links físicos corretamente.