O Cygwin não tem nada a ver com o kernel * nix. Basicamente, são duas coisas: uma DLL do Windows que implementa algumas das API POSIX e shells e ferramentas que são executadas. Juntos, eles fornecem uma aparência do Unix no Windows. (Há uma porta do gcc e outras partes da cadeia de construção GNU, mas estas apenas produzem mais binários nativos que podem usar a DLL.)
Use uma VM. Ou você pode procurar algo chamado Cooperative Linux . Eu não tenho nenhuma experiência com isso, mas a home page diz que é um ...
...free and open source method for optimally running Linux on Microsoft Windows natively...a port of the Linux kernel that allows it to run cooperatively alongside another operating system on a single machine....run Linux on Windows 2000/XP/Vista/7, without using a commercial PC virtualization software such as VMware
Eu apenas mencionei isso caso você não consiga executar uma VM tradicional por algum motivo.