Este é um erro que apenas começou a acontecer para mim em um contexto específico: Eu abro o campo de pesquisa do aplicativo Gnome pressionando a tecla 'windows'. Começo a soletrar minha aplicação, ou seja, 'byobu', e antes que eu possa terminar de digitar e selecioná-la, a área de trabalho do gnome congela, embora o mouse ainda se mova. A única maneira que eu sou capaz de recuperar o controle é mudar para um terminal virtual, Ctrl + Alt + F1, faça o login e emita um comando kill:
sudo killall -9 gnome-shell
Isso matará o shell atual, e o gnome o reaparecerá automaticamente, deixando todos os seus aplicativos no mesmo estado de quando o desktop congelou.
Mas observe, deve haver algo um pouco problemático com a forma como o Gnome reaparece o shell, porque se o problema ocorrer uma segunda vez na mesma sessão, a eliminação do shell fará com que você aborte quaisquer aplicativos de desktop em execução.