Does anyone know if it can be done?
Sim, isso pode ser feito. Um pen drive não é diferente de qualquer disco rígido de um ponto de vista lógico. Pode ter uma tabela de partições e cada uma de suas partições pode ser formatada com o que você quiser. Além disso, você sempre pode instalar o Linux em qualquer dispositivo de bloco separado. O único requisito para você é que seu sistema saiba como inicializar esse dispositivo de bloco em particular.
Então, a questão não é se o que você quer alcançar pode ser feito (pode), é melhor se você pode fazer isso sem prejudicar seu sistema existente. Não posso responder a isso, mas, como Rui F Ribeiro disse em comentário, o fato de você perguntar pode implicar que seria sensato esperar um pouco que você ganhe alguma experiência com o Linux.
What complications should I expect if it can be done?
É difícil responder. Essa questão é bem ampla, depende muito de suas habilidades e, pessoalmente, não conheço o livro da LSF e não toquei em uma distro do Slackware por quase 20 anos.
Eu vejo dois possíveis problemas:
- Escolha o disco para particionar com cuidado. Você terá pelo menos três discos na sua máquina: o disco rígido principal que você não quer tocar (faça um backup primeiro!), O drive USB ao vivo do qual você está operando, a nova unidade na qual você está instalando o Linux. Eles provavelmente serão chamados de sda, sdb e sdc. Você deve saber com certeza qual é qual. Este é o maior risco. Apenas seja cauteloso, nenhuma distribuição Linux irá apagar as coisas sem perguntar primeiro.
- Você diz que não usa persistência. Eu assumo então que todas as suas alterações na distro ao vivo somente de leitura serão mantidas na RAM. Compilar grandes coisas como o kernel do Linux ou a libc pode exigir muito espaço em disco, o que irá se transformar em espaço de RAM na sua situação (se não me engano, novamente eu não sei LFS). Você tem RAM suficiente? Note que se você não fizer isso, isso não será um grande risco, as coisas simplesmente falharão em algum momento.
Boa sorte. Seja ousado, mas não seja imprudente.