Para iniciar o aplicativo, não é necessário vincular o arquivo jar. O binário que você deseja iniciar é java com o arquivo jar como um argumento. Para fazer isso, você precisa criar um arquivo init (ou um arquivo de unidade sysyemd do seu sistema usa o systemd). O script deve lidar com pelo menos um argumento de início e um de parada para iniciar e parar seu aplicativo. O início, então, definirá seu java home e outros itens que seu aplicativo precisa e, em seguida, executará o comando java. Há vários modelos disponíveis para scripts de inicialização que você pode usar.