find /root/Downloads/complete/ -type d -mmin +60 -exec rm -r "{}" \;
Isso remove um diretório e todo o seu conteúdo se o próprio diretório não tiver sido modificado por uma hora, mesmo que os arquivos nesse diretório ou em subdiretórios tenham sido modificados recentemente. Provavelmente não é isso que você quer.
O tempo de modificação em um diretório provavelmente não é tão útil. Sugiro que você exclua arquivos antigos e, em seguida, diretórios quando eles ficarem vazios. Para evitar a exclusão do diretório raiz, passe -mindepth 1
.
cd /root/Downloads/complete && find . -type f -mmin +60 -delete && find . -depth -mindepth 1 -type d -empty -delete
Observe que isso pode ser prejudicial, por exemplo, você pode remover um diretório que acabou de ser criado e que outro programa estava usando. Excluir as coisas com base em um tempo limite raramente é uma boa ideia. Se você precisar excluir coisas, você deve fazê-lo quando os arquivos forem processados de maneira satisfatória, e não depois de um atraso arbitrário.