Você pode usar screen para executar algo em segundo plano para poder fechar a conexão SSH. Não estou familiarizado com csh , mas a ligação seria assim:
ssh user@server "screen -S longrunscript csh -c 'source script.csh'"
O -S longrunscript dá um nome à sessão de tela para que você possa anexar facilmente a ela (mesmo se houver outras sessões de tela ao redor) usando screen -x longrunscript .