Parece que o tzdata parou, relativamente recentemente, "abreviações inventadas", veja por exemplo o relatório da Red Hat sobre isso :
As of tzdata-2016b, a new approach to providing tzdata time zone abbreviations has been implemented for new time zones. When new zones are created tzdata will now use numeric time zone abbreviations like "+03" rather than the earlier naming convention of inventing new abbreviations like "ASTT".
Additionally, as of tzdata-2017a there has been a policy of removal of zone abbreviations where these abbreviations have no official standing and were invented for convenience.
As a result of this change, some tzdata-2016b data entries may cause zic implementations derived from releases of tzdata-2005j through tzdata-2015e to issue warnings. The zdump command may also issue a warning for these new time zones.
Isso parece corresponder exatamente ao comportamento que você está vendo. eu vejo o mesmo em um sistema Debian:
$ zdump America/Sao_Paulo UTC
America/Sao_Paulo Wed Oct 11 11:19:19 2017 -03
zdump: warning: zone "America/Sao_Paulo" abbreviation "-03" lacks alphabetic at start
UTC Wed Oct 11 14:19:19 2017 UTC
Um sistema diferente, rodando com uma versão desatualizada de tzdata, mostra o fuso horário "BRT":
$ zdump America/Sao_Paulo UTC
America/Sao_Paulo Wed Oct 11 11:19:40 2017 BRT
UTC Wed Oct 11 14:19:40 2017 UTC
Em ambos os casos, a hora local atual parece estar correta. O problema também é reconhecido no CentOS .
Parece que a sua melhor aposta é não se preocupar com a zona inesperada abreviação ou, se você realmente se importa com isso e não se preocupa com outras atualizações de fuso horário, você poderia reverter seu pacote tzdata para um versão pré-2017a.