Lemonbar pode ser uma maneira de fazer isso. Mesmo que ele seja usado para a funcionalidade do HUD, ele pode desenhar retângulos vazios na tela:
# Draw a rectangle on the screen,
# then have it disappear after 3 seconds:
{ echo "" && sleep 3; } | lemonbar -n "my_lemonbar" -g 200x200+40+40 -B '#88000000'
# or for something more persistent
( echo "" | lemonbar -p -n my_lemonbar -g 200x200+40+40 -B '#88000000' ) &
# Then, to remove the box:
pgrep -f "lemonbar .+ -n my_lemonbar"