./configure é o primeiro script que deve ser executado quando você compila um programa em um formulário de código-fonte. O que você parece estar fazendo é procurar o script ./configure em uma instância já instalada do gcc, ou seja, uma sob o caminho /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5.4.0 . Esse diretório é criado na instalação, portanto, alguns passos além de chamar ./configure .
O que você deve começar é baixar o código-fonte. Em seguida, leia o próprio script README (ou similar) e o script configure . Depois de passar por essas etapas, você estará executando o script. (Provavelmente com alguns parâmetros especiais. Então, make e, em seguida, make install . E neste ponto você terá um diretório semelhante em algum lugar, conforme definido, contendo uma nova compilação do programa.)