Encontrei um problema semelhante ao problema de OPs (o OP tenta, sem êxito, executar o comando npm start em um Comando Customizado do Terminator) quando tentei executar jupyter notebook em um Comando Customizado do Terminator.
Após alguns googling adicionais , comecei a pensar que, provavelmente, isso tinha a ver com meu ~/.bashrc não ser carregado pelo Terminator na construção dos Layouts. Eu tentei source ~/.bashrc no meu comando personalizado Terminator (por exemplo, comando Custom: source ~/.bashrc; jupyter notebook ), mas também não funcionou.
A seguir, eu localizei meu arquivo binário jupyter usando whereis jupyter . Em seguida, usei esse caminho de arquivo absoluto no meu comando personalizado do terminal, como absolute/path/to/jupyter notebook .
Sucesso!