pkg-config exibe sinalizadores destinados a serem usados com um compilador ou vinculador. Normalmente você usaria assim:
gcc $(pkg-config --cflags ImageMagick) …
Você não pode usar o comando pkg-config para alterar os caminhos usados por um determinado pacote. Os caminhos são definidos no arquivo .pc correspondente, por exemplo, /usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig/ImageMagick.pc . Para personalizar isso, a opção mais segura é copiar esse arquivo em outro lugar, modificá-lo conforme apropriado e especificar o caminho para o arquivo usando a variável de ambiente PKG_CONFIG_PATH .
Observe que, se você criou as bibliotecas do ImageMagick, a compilação deve ter produzido um arquivo .pc válido para você. Você também não deve usar os arquivos .pc para especificar opções como -fopenmp ; esses shouldngo em seu comando build, em seu makefile ou nas variáveis de ambiente CPPFLAGS , CFLAGS ou CXXFLAGS (ou variáveis makefile).