Julies solução simples, parando e reiniciando o serviço como script (Debian Linux):
#!/bin/sh
service cron stop
...
dowhatyouwant
...
service cron start
Ou exclua o crontab temporary:
crontab -l > cronsafe
crontab -r
dowhatyouwant
crontab cronsafe
Abordagem para interrupções curtas; enviar um sinal STOP para cron e continuar com CONT, como
killall -STOP cron
dowhatyouwant
killall -CONT cron