Se eu entendi sua pergunta corretamente, é tão simples quanto:
# chmod o-r /home/
O que resulta nessa permissão para a pasta pessoal
drwxr-x--x 3 root root 4.0K Jan 25 15:08 home
outras pessoas ainda têm a permissão x para que elas ainda possam acessar a pasta, mas não visualizar seu conteúdo.
Testado no Debian 6:
test@testserver:~$ pwd
/home/test
test@testserver:~$ ls
hello
test@testserver:~$ cd ..
test@testserver:/home$ ls
ls: cannot open directory .: Permission denied
O mesmo pode ser aplicado a outras pastas