Não há necessidade de excluir /usr/local/bin/samtools . Se você adicionar /path/to/your/folder para que preceda /usr/local/bin/samtools , ele terá precedência e será exibido ao emitir o comando which samtools .
export PATH=/path/to/your/folder:$PATH
Isso preservará o samtools original, que ainda pode ser chamado pelo caminho absoluto, se necessário.