Não funciona porque o caminho não começa com src , começará com ./src .
Sua linha de comando pode ser corrigida para isso:
find . -type f -path "./src/*/*" -name "*.class" -exec rm -f {} \;
Alternativamente,
find . -type f -path "./src/*/*" -name "*.class" -delete
Se você estiver feliz em excluir todos os arquivos *.class em qualquer lugar em src (não apenas em seus subdiretórios):
find src -type f -name "*.class" -delete