Se você quiser usar fdisk , com apenas uma partição, com todos os blocos usados, isso será suficiente:
echo -e "n\np\n1\n\n\nw\n"|
fdisk /dev/<target disk> &&
mkfs.ext4 /dev/<target disk>
Altere mkfs.ext4 para qualquer tipo de sistema de arquivos que você deseja usar.
Se você quiser apenas excluir dados, o comando dd deve estar bem.