Você deve conseguir deixar o mapa de teclado original sozinho e apenas fazer um segundo loadkeys com algumas alterações extras explícitas. Por exemplo, você pode ver atualmente
$ dumpkeys|grep ' 30'|tr -s ' '
keycode 30 = +a +A Hex_A Control_a Control_a Meta_a Meta_Control_a
Assim, você deseja alterar duas colunas para o caractere grego alfa, que é unicode U+03B1 e U+0391 . Se você fizer
$ sudo loadkeys - <<\!
alt keycode 30 = U+03B1
shift alt keycode 30 = U+0391
!
e execute dumpkeys novamente, você verá a alteração:
keycode 30 = +a +A Hex_A Control_a Control_a alpha Alpha Meta_Control_a
Como você pode ver, meu sistema até conhece os unicodes como keysyms alpha e Alpha que eu poderia ter usado em seu lugar. Basta criar um arquivo de todas as alterações que você deseja fazer e chamar loadkeys com esse nome de arquivo para fazer as modificações.