Eu acredito que o perl one liner fará o que você quiser:
perl -i.bak -pe 's/Src=PIPE\s+<(\w+?@\w+?\.\w+?)>\s+?/Src=$1 <$1> /;' [file(s)]
Outra forma de verificar se o elemento nos colchetes angulares é um endereço de e-mail:
perl -i.bak -pe 's/Src=PIPE\s+<(.*?)>\s+?/Src=$1 <$1> /;' [file(s)]
O -i.bak faz um backup de cada um dos arquivos processados na linha de comando.