Os pacotes do Ubuntu não são relocáveis. Seus arquivos vão para onde o pacote disser que vão. O mesmo vale para a maioria das distribuições.
Quando você tem um sistema de empacotamento, não há muito sentido em ter pacotes relocáveis. O gerenciador de pacotes mantém o controle de onde os arquivos de cada pacote estão localizados, para que eles não precisem ser agrupados de nenhuma maneira específica. O administrador do sistema não precisa de controle sobre o local de cada pacote: há um local para arquivos gerenciados pelo gerenciador de pacotes e o administrador não manipula esses arquivos diretamente, somente através do gerenciador de pacotes.
No Linux, a norma é colocar programas gerenciados pelo gerenciador de pacotes em /usr (omitindo /usr/local ), /bin , /lib e /sbin (além de mais alguns, não entrarei em detalhes). Os programas instalados pelo administrador do sistema sem usar o gerenciador de pacotes estão em /usr/local ou /opt . (Algumas distribuições também colocam coisas em /opt , mas não no Ubuntu.)
A distinção entre /bin e irmãos e suas contrapartes em /usr é que as coisas necessárias para colocar o sistema em funcionamento precisam estar fora de /usr . Essa distinção data de tempos em que era relativamente comum tornar /usr uma partição separada: qualquer coisa necessária para montar essa partição, ou necessária para o administrador do sistema fazer login e consertar o material, tinha que estar fora de /usr , diretamente no sistema de arquivos raiz. Hoje em dia, os discos ficaram grandes o suficiente para que um /usr montado na rede não faça mais sentido na maioria das configurações e os sistemas de arquivos tenham progredido de forma que a montagem /usr somente de leitura não ofereça mais uma vantagem. Portanto, a distinção entre /usr e /bin -e-irmãos é irrelevante; algumas distribuições (como o Ubuntu) preservam, outras não (e tornam /bin um link simbólico para /usr/bin ou vice-versa).
A divisão entre o sistema de arquivos raiz e /usr é por arquivo, não por pacote. Todo pacote do Ubuntu inclui pelo menos alguns arquivos de documentação que estão sob /usr/share/doc . A maioria dos pacotes que colocam arquivos em /bin também coloca arquivos em /usr , por exemplo, executáveis que são menos críticos, páginas man, etc.