Você sempre pode montar sua terceira partição em algum lugar (como /mnt/combo ou algo assim) e, em seguida, ligar subdiretórios de montagem deste ponto de montagem aos três diretórios designados.
Em fstab , isso seria parecido com
UUID=... /mnt/combo auto defaults
/mnt/combo/usr /home none bind
/mnt/combo/var /var none bind
/mnt/combo/home /home none bind
Considere também isto: /home faz sentido viver em uma partição separada - melhor ainda, uma unidade separada, que pode ser de alguma forma protegida (raid, backups, ...). /var faria sentido ser separado se você realmente tem algo pessoal lá (sites e tal), caso contrário não faz diferença. /usr pode definitivamente ser parte de / , não faz sentido separá-lo porque, em um sistema moderno, a distinção entre /bin e /usr/bin é indistinta e ninguém mais se importa com isso, e segmentar apenas um sistema cria problemas se alguma das partições não for montada.
/tmp deve normalmente ser suportado pelo RAM mesmo assim ( tmpfs ), a menos que você esteja realmente ficando sem RAM, e a maioria das distribuições o faz por padrão, a menos que você o altere.
Imagem grande: separar /home se você tiver que, o resto é apenas sobrecarga - você provavelmente não tem motivos para ter tipos diferentes de sistema de arquivos ou permissões diferentes em nenhum desses, e particionamento não significa separação física (mesmo disco rígido?).