Isso depende do sistema de init que você está usando. Em alguns sistemas init - Solaris antigo ou SunOS, eu acho, embora tenha sido muito tempo - os runlevels são cumulativos da maneira que você está esperando. Em outros, incluindo todos os Linux que usam o conceito de runlevel que eu já ouvi falar, eles são descrições independentes de quais coisas devem ser iniciadas ou paradas nesse runlevel (o que pode levar a desordem se você estiver indo entre níveis e K (parar) script está faltando).