A interrupção do timer não está relacionada a nenhum processo. Quando é atendido, o kernel executa uma rotina de serviço de interrupção. Esse código e todas as funções que ele chama executam em um "contexto de interrupção".
Uma interrupção pode ser atendida no meio de quase qualquer coisa: a execução do código do kernel, incluindo o código atendendo a outra interrupção, pode ser suspensa para atender uma interrupção.
Quando o agendador é chamado, ele simplesmente leva em consideração os processos que existem naquele momento e são executáveis.