gawk - Criação dinâmica de arquivo de texto usando campos de arquivo de entrada

Question

Eu tenho um arquivo de texto com esta aparência:

UICEX_0001  UICEX_0001_T1.bam   UICEX_0001_C2.bam   chr1:16946335   chr19:9064309   chr8:10480278                                                                               
UICEX_0003  UICEX_0003_T1.bam   UICEX_0003_C2.bam   chr1:16974893

Estou tentando usar essas informações para criar algo como o seguinte, combinando strings e inserindo dinamicamente informações do arquivo de texto. Eu quero:

• loop por cada linha
• atribua as três primeiras colunas às variáveis
• imprima algum texto com essas variáveis
• faça um loop pela coluna da quarta extremidade
• imprima algo específico.

Aqui está um exemplo do meu arquivo de saída:

Arquivo de saída

load UICEX_0001_T1.bam
load UICEX_0001_C2.bam
goto chr1:16946335
collapse
snapshot UICEX_0001_chr1:16946335.png
goto chr19:9064309
collapse
snapshot UICEX_0001_chr19:9064309.png
goto chr8:10480278
collapse
snapshot UICEX_0001_chr8:10480278.png

load UICEX_0003_T1.bam
load UICEX_0003_C2.bam
collapse
snapshot UICEX_0003_chr1:16974893.png

O que eu tentei

Eu pensei que poderia fazer isso aninhando comandos do gawk. Aqui está uma que eu tentei:

SAMPLEFILE = "2016-10-13_mutation_table.txt"
gawk -F";" 'BEGIN{
gawk -F";" -v SAMPLE=$(cat $SAMPLEFILE | cut -d"\t" -f1) -v BAMT=$(cat $SAMPLEFILE | cut -d"\t" -f2) -v BAMN=$(cat $SAMPLEFILE | cut -d"\t" -f3);}{print "new \nload " $BAMN;}
{print "new \nload " $BAMT;}
{awk "{for(i=4; i<=NF-1; i++){ print "goto " $i ; print "collapse\nsnapshot " $SAMPLE"_"$i".png";} }" 2016-10-13_mutation_table.txt;

}END{print "exit \n"}'

Mas a execução disso gera erros como este:

gawk: cmd. line:2: gawk -F";" -v SAMPLE=$(cat $SAMPLEFILE | cut -d"\t" -f1) ...
gawk: cmd. line:2:                     ^ syntax error

Sou um iniciante na codificação bash, então, por favor, inclua algumas explicações, se possível.

    

Answer 1

try this

$ awk '{printf("load %s\nload %s\n",$2,$3);for(i=4;i<=NF;i++){printf("goto %s\ncollapse\nsnapshot %s_%s.png\n",$i,$1,$i)}}' test.t
    load UICEX_0001_T1.bam
    load UICEX_0001_C2.bam
    goto chr1:16946335
    collapse
    snapshot UICEX_0001_chr1:16946335.png
    goto chr19:9064309
    collapse
    snapshot UICEX_0001_chr19:9064309.png
    goto chr8:10480278
    collapse
    snapshot UICEX_0001_chr8:10480278.png
    load UICEX_0003_T1.bam
    load UICEX_0003_C2.bam
    goto chr1:16974893
    collapse
    snapshot UICEX_0003_chr1:16974893.png

    

Answer 2

O que você parece estar pedindo pode ser feito como

awk '
  NR > 1 {print ""}
  {
    printf("load %s\nload %s\n", $2, $3);
    for (i=4; i<=NF; i++) {
      if (NF > 4) printf("goto %s\n", $i);
      printf("collapse\nsnapshot %s_%s.png\n", $1, $i);
    }
  }
' samplefile