Você tem dois sistemas de arquivos montados com características semelhantes: o mesmo nome de dispositivo, o mesmo uso de disco. É muito provável que estes sejam, de fato, o mesmo dispositivo. Isso pode acontecer se você montar o mesmo sistema de arquivos de rede em locais diferentes, por exemplo. Dado que este é um sistema de arquivos local, como sourcejedi identificado em um comentário, é muito provável que seja um bind mount , criado por um comando como mount --bind /origin /var/www/username/data/www/test.site.biz/photo .
Se o seu sistema for recente o suficiente, você pode usar findmnt para confirmar que é uma montagem de ligação . Mas, de qualquer forma, a maioria dos tipos de sistema de arquivos não pode ser montada ao mesmo tempo em locais diferentes, então ter o mesmo dispositivo é prova suficiente de que isso é uma montagem de ligação.
Uma montagem de ligação fornece uma exibição de uma árvore de diretórios em um local diferente. Em termos de acesso aos arquivos na montagem de ligação, é semelhante a ter um link simbólico na árvore, ou seja, /var/www/username/data/www/test.site.biz/photo/somefile é o mesmo arquivo que /origin/somefile , como se /var/www/username/data/www/test.site.biz/photo fosse um link simbólico para /origin . Mas /var/www/username/data/www/test.site.biz/photo não é um link simbólico, é um diretório.
Como /var/www/username/data/www/test.site.biz/photo é um diretório, um percurso recursivo desce até ele. Portanto, rm -rf excluiu os arquivos em /original , porque /original e /var/www/username/data/www/test.site.biz/photo são o mesmo diretório que, por acaso, são exibidos em locais diferentes.