Deve ser seguro excluir. Eu não iria apagá-lo imediatamente, eu iria compactá-lo - ele deve comprimir muito bem, de fato:
gzip -9 EMPTY
(ou xz EMPTY
ou ...). Isso deve liberar a maior parte dos 3.3GB e permitir que você restaure o arquivo, se posteriormente você determinar que algo precisa dele. Você pode excluir o arquivo compactado depois de ter certeza de que tudo ainda funciona (o que basicamente significa verificar se seus aplicativos específicos ainda funcionam - nada no sistema básico deve precisar desse arquivo).