Desativar a opção de aceleração 3D em Configurações de exibição do VirtualBox corrigiu o problema.
Todos os aplicativos gráficos são executados novamente.
No Linux Mint 18 com o Mate (rodando dentro do VirtualBox), alguns aplicativos gráficos não rodam mais. Pelo menos, nenhuma janela é mostrada e nenhum processo continua sendo executado, após o lançamento na linha de comando.
Eles terminam imediatamente quando iniciados (na linha de comando), alguns aplicativos com esse comportamento estranho: mintupdate, eclipse, xviewer, time-admin, editor de conexão-nm, ...
Outros que são executados: gimp, banshee, terminal-mate, LibreOffice, ...
O que pode ser feito para corrigir isso?
Desativar a opção de aceleração 3D em Configurações de exibição do VirtualBox corrigiu o problema.
Todos os aplicativos gráficos são executados novamente.