O Linux não suporta criptografia em nível de arquivo NTFS. Bitlocker usando a chave de recuperação sorta funciona, mas ainda é muito novo (veja aqui para mais informações). O Windows, por sua vez, não consegue ler dispositivos criptografados pelo LUKS. Se você precisar compartilhar sua unidade criptografada entre o Windows e o Linux, eu recomendaria VeraCrypt ou um dos outros garfos TrueCrypt.