Não, isso significa apenas que o usuário não pode efetuar login e executar um shell, mas pode executar comandos.
Apenas tente o seguinte, como root:
mkdir test
chown apache:apache test
sudo -u apache touch test/file
E agora o usuário apache usou o comando touch .
É a própria idéia de um usuário do sistema executar comandos / executar progams / deamons etc. com seu ID específico e as permissões seguintes.