Se eu estou entendendo o que você quer corretamente, você pode simplesmente passar nomes de diretórios / arquivos para o tar.
tar -cvf tarfile.tar SomeDir/ OtherDir/theFile.f
Ao extrair:
[user]$: ls
OtherDir SomeDir tarfile.tar
[user]$: tar -xf tarfile.tar
[user]$: ls SomeDir/
someFile1.a someFile2.b someFile3.c someFileN.xyz
[user]$: ls OtherDir/
theFile.f