A chave é que as tabelas estão agrupando as coisas por intenção do design . Todas as suas regras destinadas a filtragem estão neste lugar, todas as suas regras de NAT por lá. As cadeias são sequências de regras e as cadeias padrão são percorridas em pontos específicos no caminho de um pacote.
Em teoria, você poderia adicionar uma regra que faça filtragem para, digamos, a tabela NAT. Mas o front end impede que você faça isso, com uma mensagem como
The "nat" table is not intended for filtering, the use of DROP is therefore inhibited.
A maneira que eu penso é que é realmente sobre cadeias, e as tabelas são um pouco de reflexão para ajudar você a organizá-las. É confuso porque é um design de interface de usuário ad-hoc e historicamente desenvolvido.