Sim, para o PC-BSD você pode instalar programas usando o AppCafe, pacotes ou portas. Eles podem entrar em conflito. Uso exclusivamente pacotes (ou portas) e evito o Appcafe a todo custo. Não me lembro por que, só que eu tive problemas com isso anos atrás.
O sistema de pacotes é instalado por padrão. Se você precisar de portas, você pode fazer o portsnap ou git-las (veja o que eu fiz lá ??) no painel de controle do PC-BSD > Gerenciamento do sistema (eu acho) > Buscar a árvore de portas
Eu enfatizo: use UM. Você está pedindo dependência, se misturar e combinar.
Eu sou a favor de pacotes. Mas vou voltar para as portas, se necessário. Se eu estou usando o Appcafe para qualquer coisa que não seja a vitrine, então deve ser muito importante e calculei o risco como mínimo.