Gostaria de saber se o seu problema pode estar relacionado com a corrupção da sua fonte ou cache de ícones, por exemplo, veja aqui:
Meu PC roda o Ubuntu 12.04 com o gnome-shell. Algum tempo atrás, após uma atualização, os menus dos aplicativos gtk2 ficaram lentos, ou seja, houve um atraso ao abrir o menu de contexto nos aplicativos synaptic, claws-mail, etc. gtk2. Existe uma maneira de consertar isso?