O fato de o cartão se comportar de maneira imprevisível e imprevisível, os mesmos erros aparecem repetidas vezes não é um bom sinal, e na verdade é um sintoma certeiro de mídia danificada. Não tem nada a ver com problemas FAT. Eu descartaria o cartão, pois não é confiável. Infelizmente, os cartões SD duram muito, e os cartões com extensas operações de gravação costumam ter uma vida útil mais curta.
O Android também suporta sistemas de arquivos ext2fs. Se você usa o cartão exclusivamente no Linux, pode ser uma alternativa interessante.
Esteja ciente de que, embora outros sistemas de arquivos Linux possam ser suportados, não é uma boa idéia usar em sistemas de arquivos transacionais de cartões SD como ext3fs. O suporte / gravações transacionais no sistema de arquivos aumentará o desgaste.