CronMaker usa Quartz cron dispara , que adiciona alguns campos não padrão (por segundos e anos). Você deve descartar o primeiro e o último campo do padrão cron , usar * em vez de ? e remover o% principal. do seu comando:
0 3 1/1 * * /home/deploy/scripts/clearzip.sh
será executado todos os dias às 3 da manhã. Mais idiomaticamente,
0 3 * * * /home/deploy/scripts/clearzip.sh