O motivo é que, em algumas versões do kernel do Linux, o arquivo version.h necessário ao instalador do VMware Tools foi realocado de /usr/src/linux-headers-$(uname -r)/include/linux
para /usr/src/linux-headers-$(uname -r)/include/generated/uapi/linux
e o instalador não foi atualizado para lidar com isso.
A solução seria criar um link simbólico para version.h no local em que o instalador do VMware Tools espera.
ln -s /usr/src/linux-headers-$(uname -r)/include/generated/uapi/linux/version.h /usr/src/linux-headers-$(uname -r)/include/linux/version.h