Existem duas causas conhecidas para isso. O primeiro é um bug no VIM que faz com que ele interprete erroneamente o valor de transparência na configuração URxvt.background nos .Xresources o
O segundo é um problema com algumas versões mais antigas do MobaXterm. Isso me afetou e atualizar para a versão mais recente (8.6) resolveu o problema para mim.