Se você substituir apenas a CPU, você deve estar bem. Se você também estiver atualizando a placa principal ou outros componentes de hardware, poderá ter problemas de driver, mas como a maioria dos hardwares deve ser suportada imediatamente por um kernel atualizado, nenhum problema deve surgir. Se você trocar mais do que o cpu, talvez faça uma busca rápida nos componentes desejados, quer trabalhem bem no linux.